El 28 de junio de 1360 Muhammad VI se convierte en el décimo emir nazarí de Granada después de asesinar a su cuñado el emir Ismail II. Gobernó durante un breve período entre junio de 1360 y abril de 1362.
Primo segundo y cuñado tanto de Muhammad V como de Ismail II, Muhammad VI lideró un golpe de Estado que depuso al primero y entronizó al segundo en agosto de 1359. Durante el gobierno de Ismail, consolidó cada vez más su poder, y en junio de 1360 mandó asesinar al nuevo sultán y usurpó el trono. Las crónicas musulmanas lo retrataron negativamente, describiéndolo como un gobernante tiránico y de modales toscos. En octubre de 1360, se alió con Pedro IV de Aragón contra Pedro I de Castilla en la Guerra de los Dos Pedros, pero tuvo que enfrentarse a Castilla en solitario cuando Aragón acordó una paz por separado en mayo de 1361. Castilla se alió con Muhammad V, quien regresó del exilio en agosto. La guerra contra esta coalición comenzó con éxitos parciales para Muhammad VI, pero a partir de febrero de 1362, Pedro I y Muhammad V obtuvieron una serie de importantes victorias. El 13 de abril, Muhammad VI huyó de Granada, permitiendo que su rival recuperara el trono. El desesperado Muhammad VI se entregó inesperadamente a Pedro I en Sevilla. Muhammad VI, acosado, viajó a Sevilla con la intención de comprar al rey Pedro I. Llevaba 300 jinetes, 200 peones, joyas, diamantes, esmeraldas, cajas repletas de monedas de oro. Sin embargo, el rey castellano, aún indignado por su anterior alianza con Aragón y autoerigido justiciero o bien en defensa de la legitimidad de la realeza o bien por codicia, lo encarceló para vengar el asesinato de Ismail II y el exilio de Muhammad V., lo mató personalmente
Según el canciller López de Ayala, posteriormente fue escarnecido, subido a un asno con una capa roja y lanceado por el propio Pedro I. Así murió en los campos de Tablada de Sevilla junto a 37 caballeros granadinos de su escolta. Sus cabezas fueron expuestas en Sevilla y luego enviadas al rey Muhammed V, que volvió al trono con la ayuda prestada por su señor y aliado Pedro I de Castilla.
