El 14 de febrero de 1502 los Reyes Católicos promulgaron una real cédula en la que se obligaba a los musulmanes de toda la Corona de Castilla a escoger entre la conversión al cristianismo o el destierro.
El islam había estado presente en España desde el siglo VIII. A principios del siglo XII, la población musulmana de la península ibérica -denominada "al-Ándalus" por los musulmanes- se estimaba en 5,5 millones de habitantes. En los siglos siguientes, mientras los cristianos empujaban desde el norte en un proceso histórico llamado "Reconquista", la población musulmana fue reduciéndose. A finales del siglo XV, la reconquista culminó en la caída de Granada, con una población musulmana en España estimada entre 500 000 y 600 000 habitantes de un total de 7 a 8 millones de habitantes en los reinos españoles. Aproximadamente la mitad de los musulmanes vivían en el antiguo Emirato de Granada, el último estado musulmán independiente de España. Estos musulmanes que vivían bajo dominio cristiano eran conocidos como los mudéjares.
Tres meses después de la conquista de Granada de 1492, el decreto de la Alhambra ordenó la expulsión o conversión de todos los judíos de España, lo que marcó el comienzo de una nueva etapa. En 1497, el vecino occidental, el reino de Portugal, expulsó a sus poblaciones de judíos y musulmanes, según lo dispuesto por el cardenal Cisneros a cambio de un acuerdo matrimonial entre las monarquías hispánica y portuguesa. A diferencia de los judíos, a los musulmanes portugueses se les permitió reubicarse por tierra en España, y la mayoría lo hizo.
A principios del siglo XVI, la actual España estaba dividida en tres reinos: la Corona de Castilla, la Corona de Aragón y el Reino de Navarra. El matrimonio entre el rey Fernando II de Aragón y la reina Isabel I de Castilla unió a las dos principales coronas. A pesar de la unión, las dos coronas funcionaban de manera muy diferente, con leyes dispares, prioridades de gobierno y trato a los musulmanes. La fecha exacta en que se impuso el bautismo obligatorio fue diferente en cada territorio. En la Corona de Castilla, en 1501 en el reino de Granada y 1502 en el resto. Entre 1515 y 1516 se impone el bautismo o la expulsión de los mudéjares navarros tras haber sido incorporado ese reino a Castilla en 1512 por Fernando el Católico. Los mudéjares de la corona de Aragón (valencianos, aragoneses y catalanes) fueron conminados a bautizarse o ser expulsados en el otoño de 1525, por un decreto de Carlos V.
La pragmática tuvo lugar el 14 de febrero de 1502 en Sevilla y luego localmente en otras ciudades. El edicto afectaba a "todos los reinos y señoríos de Castilla y León". Según el edicto, todos los varones musulmanes de 14 años o más, o las mujeres de 12 años o más, debían convertirse o abandonar Castilla a finales de abril de 1502. Tanto los musulmanes nacidos en Castilla como los inmigrantes estaban sujetos al decreto, pero se excluía a los esclavos para respetar los derechos de sus dueños.
Sobre el papel, el edicto ordenaba la expulsión en lugar de una conversión forzada, pero prohibía casi todos los destinos posibles; en realidad, las autoridades castellanas preferían la conversión de los musulmanes antes que su emigración. El vecino occidental de Castilla, Portugal, ya había proscrito el islam desde 1497. La orden prohibía explícitamente ir a otras regiones vecinas, como los reinos de Aragón y Valencia, el Principado de Cataluña y el reino de Navarra y excluía también el norte de África y los territorios del Imperio otomano como posibles destinos de ultramar. El edicto permitía viajar a Egipto, entonces gobernado por el Sultanato mameluco, pero había pocos barcos navegando entre Castilla y Egipto en aquellos días. Los puertos vascos del Señorío de Vizcaya serían los únicos por donde podían salir los musulmanes, lo que significaba que los del sur tendrían que recorrer toda la península. El edicto también estableció como fecha límite en finales de abril de 1502, después de lo cual el islam sería proscrito y aquellos que dieran refugio a musulmanes serían castigados severamente. Otro edicto emitido el 17 de septiembre de 1502 prohibía a los musulmanes recién convertidos abandonar Castilla en los siguientes dos años.
El bautismo pasaba a ser la única posibilidad, y se realizó masivamente, mediante ceremonias colectivas en que los sacerdotes asperjaban el agua sobre toda la población de un lugar mientras pronunciaba las palabras rituales. A partir de ese momento, considerados ya cristianos, cualquier manifestación religiosa divergente podía ser considerada herejía.
Así nació una nueva categoría social, la de los cristianos recién convertidos, a partir de entonces los mudéjares pasaron a ser llamados moriscos.
Estos moriscos convertidos y sus descendientes continuaron practicando el islam en secreto. Hay abundantes y abrumadoras evidencias que indican que la mayoría de los conversos eran musulmanes en secreto. Pruebas históricas como los escritos de los musulmanes y los registros de la Inquisición corroboraron que las creencias islámicas aún se mantenían un siglo después. Varias generaciones de moriscos nacieron y murieron dentro de este clima religioso en el qe también fueron presionados a cumplir exteriormente con el cristianismo, como asistiendo a misa o consumiendo alimentos y bebidas que están prohibidos en el islam. La situación condujo al criptoislam, una forma no tradicional del Islam en la que la intención interna (niyya), más que la observación externa de los rituales y leyes, era la característica definitoria de la propia fe.
