El 13 de febrero de 1668 se firmó el tratado de Lisboa, un acuerdo de paz concertado entre España y Portugal

 El 13 de febrero de 1668 se firmó el tratado de Lisboa, un acuerdo de paz concertado entre España y Portugal con la intermediación de Inglaterra, mediante el cual se puso fin a la guerra de independencia de Portugal iniciada en 1640 y el reconocimiento oficial por parte de España de la independencia portuguesa.

Los reveses militares de la España de Carlos II «El Hechizado» y la intervención de otras potencias extranjeras, deseosas de repartirse las colonias lusas, forzaron finalmente a a renunciar al viejo sueño de una gran unión ibérica, que terminó desvaneciéndose a través de un tratado que sería nocivo a largo plazo para ambas partes.

Una vez falleció Felipe IV; a su viuda, Mariana de Austria , no le quedaron fuerzas ni ganas de continuar con el conflicto y reconoció, no sin reparos, el 13 de febrero de 1668 la independencia de Portugal a través del Tratado de Lisboa firmado en el Convento de San Eloy de esta ciudad. Por parte española acudió a Lisboa Gaspar de Haro y Guzmán , Marqués del Carpio, representando a la Reina regente Mariana de Austria, mientras que la representación lusa estaba encabezada por Nuno Alvares Pereira de Melo , delegado por el Rey Alfonso VI. Los ingleses –aliados con los portugueses a través del matrimonio de Carlos II y Catalina de Braganza– hicieron de maestros de ceremonia entre las partes, siendo el Rey Carlos II representado por el primer Conde de Sandwich.

El acuerdo ratificado por España y por Portugal incluía como puntos principales del acuerdo:

-El cese en las hostilidades y compromiso de paz perpetua.

-La restitución mutua de las plazas tomadas durante la guerra, devueltas al estado en que se encontraran antes de ésta; Ceuta quedaría excluida de este punto, pero Olivenza vuelve a Portugal.

-Libertad de circulación y de comercio para los súbditos de ambos países en el país vecino.

-Amnistía para los prisioneros tomados por ambos bandos durante la guerra.

-Restitución a sus dueños originales de las propiedades tomadas durante la guerra.

-Portugal sería libre de formar alianzas con quien quisiera.

Mariana de Austria temía que la aristocracia castellana viera en cualquier acuerdo con Portugal una concesión inaceptable para una gran potencia y una muestra de debilidad, como así lo expusieron los elementos más belicistas del reino. La reina madre sabía que los nobles se le iban a echar encima, en tanto, una reina regente no podía decidir la enajenación del patrimonio de una monarquía que había de «ser entregada indivisiblemente al legítimo heredero de la corona». Por esta razón, Mariana prefirió que la situación en los Países Bajos españoles , invadidos por Francia, se hiciera tan crítica que incluso fuera la nobleza castellana la que le exigiera cerrar uno de los frentes cuanto antes.

Entre Flandes o Portugal , la regente se decidió por el segundo, aunque se cuidó en destacar que la paz se acordaba sin su voluntad. Pese a todo ello, la regente ha pasado a «la historia panfletaria como una mujer pusilánime, y "hacedora de paces poco convenientes", pues Portugal fue aquel reino que: "Gobiernos de una mujer/ perdieron"». El hecho de que la paz no fuera acompañada de una rebaja en los impuestos aumentó la impopularidad de la Reina y abrió la puerta a que Don José de Austria , desacreditado a nivel militar, se hiciera con las riendas del reino.

Sin los recursos y el escudo del Imperio español, la mayoría de las colonias portuguesas terminaron pronto en manos de los que, como Holanda e Inglaterra, habían ayudado al país vecino a obtener la independencia. La separación fue traumática y no benefició a largo plazo a ninguna de las partes. Ni Portugal podía defenderse en América sin España; ni España podía sobrevivir en Asia sin Portugal.